首先，屍體被送到“制木乃伊之屋”，在這裡進行製作木乃伊的第一步。把屍體擺在專門的桌上。奇怪的是，做木乃伊的桌都很矮，只有半米高。先敲碎篩骨，把一個金屬鉤從鼻子裏面伸進去，在裏面把腦髓攪碎，然後把木乃伊頭朝下，腦髓就從鼻孔裏留出來了。在碗裏放上酒，再從鼻孔向裏面灌，清洗消毒。
然後在腹部的左側開一個口子，裏面的器官，除了腎之外全部都取走。墓室壁畫中常可看到木乃伊製作者的保護神豺狼頭的阿努比斯，在幫助加工屍體。膈被切除，除了“思想之所在”心臟之外，所有的器官都從胸腔取走。古埃及人與中國人一樣，認為人是用心臟來思考的。將內臟器官清洗乾淨，分別浸泡在泡鹼中，然後用熱樹脂處理，用布帶纏起來、裹住，放在四個罐中，叫“蓬罐”。四個罐的蓋子各自不同，分別代表荷魯斯的四個兒子：依姆塞提，長著人頭，守護肝；哈皮，長著猿頭，守護肺；瓦姆太夫，長著豺狼頭，守護胃；凱伯塞努夫，長著鷹頭，守護腸子。
剩下的空腔用椰酒和香料清理乾淨，然後用一些臨時的包裹材料填滿。最後，把屍體用一堆乾燥的泡鹼幹貯，這時腳趾和手指的指甲都要用繩係起來，以防在乾燥過程中丟失。
完成這一切之後，已經過去40天了。接下來屍體被送到“純凈之屋”。在那裏，用尼羅河水將屍體洗凈。這是一種帶有宗教意味的舉動，象徵著太陽從尼羅河上升起以及氾濫洪水退去。然後把腦腔用樹脂浸泡的亞麻布填滿，再把腹腔中的臨時填充物取出，用裝滿木屑的亞麻布袋、或用樹脂浸泡的藥填滿。然後把腹部的切口縫起來。屍體的表面搽上一種杉樹油、蠟、泡鹼和樹膠的混合物，接下來把香料撒在上面。鼻孔也要塞住。通常還在眼皮下放上亞麻布的墊子，放洋蔥亦可。然後整具屍體用熔化的樹脂涂滿，以收住毛孔和保護表層。
之後，是一項用亞麻布包裹屍體的精細工作。先用亞麻布把頭裹好，然後是軀幹部分，一條腿，再一條腿，兩個胳膊，分別用亞麻布纏好，每一個部分都裹好了之後，就用亞麻布把他們全部纏起來，再纏一遍，最後，再拿一塊非常大的亞麻布，橫的一裹，打結；再拿一塊很長的亞麻布，豎的一裹，再打結。古埃及人個子不高，但是因為木乃伊裹了很多層亞麻布，看起來很高。你們估計一下這個亞麻布拆開來有多大最厚的一個打開是360多平方米。
裹完後常給屍體套上一件完整的壽衣。做木乃伊的作坊有時候會積壓很多屍體，工匠忙得要命，也難免將其他東西，蟑螂、蟲子什麼的裹進去。有時候還會弄錯，木乃伊標簽的名字是一個人，其實裏面是另外一個人。
在這個過程中要不斷念誦咒語，每包裹一個部位念誦一段。到第52天時結束，第68天到第70天時入棺。
在一層層地包纏木乃伊時，常常放進許多護身符。現在不用拆開裹布，也能用X光透視的方法看見它們。中王國的《石棺銘文》到新王國時演變為《亡靈書》，寫在紙草卷上，從第19王朝開始還配有小插圖。《亡靈書》每個人都可買到，人們相信把這些寫著咒語的紙草卷放入棺中，就能得到保祐，順利達到永生。其中有關心臟的咒語尤其重要，要提醒它在末日審判的時候千萬不可洩露主人的劣跡。與心有關的咒語經常刻在綠色的蜣螂像上，叫做“聖甲蟲”，放在死者的心口。Ankh生命之符是最常見的護身符。Djed護身符象徵著奧賽裏斯的背骨，要放到脖子上。Tyet護身符，伊西斯結和綠色的紙草卷也放在那裏。赤鐵製成的枕頭護身符放在頭下面。Udjat荷魯斯之眼護身符有時單獨置放，有時平放在腹部的切口上。
在古埃及歷史上，製作木乃伊的技術是有很大變化的。
把身體各器官取出分別保存的做法始於第4王朝，我們現有的最早資料是關於法老胡夫的母親的。最初只是把上述四種器官簡單地用鹽處理一下，然後放入一個盒子的四個格層中。後來這種盒子被四個蓬罐所取代，它們通常是用雪花石或石灰石做成的。像木乃伊一樣，蓬罐中盛放的器官可以代表一種實物，也能代表人體中獨立的部分。最早時罐口沒有任何裝飾，到第一中間期時，罐口有了人頭裝飾，表明這四種器官的人格化。到中王國時有些罐口甚至有了有手有腳的人形裝飾，進一步強調器官的獨立性。到新王國時把它們像加工木乃伊一樣地處理，然後放入單獨的木乃伊棺槨中。第18王朝以後，蓬罐上出現四個猴頭、狗頭、鷹頭、人頭的動物，分別代表荷魯斯的四個兒子，是木乃伊和器官的保護神。
除上述四種器官外，身體的其他各部位，甚至與人體有關的東西都不扔棄。它們被小心地收藏好再埋掉。通常這些零碎物都放在一個叫做“tekenu”的袋子中，舉行葬禮時放在由動物拖拉的滑板上，尾隨在送葬隊伍的後邊。從畫面上看，“tekenu”袋通常都是黑色的，袋口呈人頭狀，表明它也能代表死者，同時也是獨立的存在。以前曾有學者認為這是殉葬之人或是史前墓葬習俗的遺留，現在則普遍接受是盛殮屍體零碎物的說法，證明古埃及人不想丟棄任何身上之物，要攜之同葬，以求來世共同復活。
製作木乃伊的技術到第21王朝時達到頂峰，其中某些技術今人也無法企及，更勿論超越。但是也有做得過分的地方：過多地在屍體中填充防腐材料，反而使木乃伊保存得並不好，肉都綻開了。