薩摩藩的改革
薩摩藩（石高七十三萬石）的負債在文政末年（19世紀20年代）高達五百萬兩，按照當時的市價便相當於大米五百萬石（七十五萬噸，相當於現在的二兆日元）。島津重豪將改革全權委託給城下士最低級的小姓組出身的調所廣鄉，後者於文政十年（1827）著手改革，採取「欠帳不還，開發新的國產品以求增收」的方針，最後獲得成功，被提拔為家老。
針對負債問題，調所廣鄉以換發為藉口，收回江戶和大坂商人手中的借據，還以存摺，單方面地通知二百五十年分期付款，無利息償還。結果，債權人群情激憤，鬧上公堂，最後在幕閣的斡旋之下接受新的政策。
另一方面，調所廣鄉積極推進物產交易，核心是奄美大島、喜界島、德之島三島的黑糖收益。18世紀後半期首次實行的黑糖收購制度（專賣制）在天保元年（1830）捲土重來，人稱「黑糖地獄」，薩摩潘通過殘酷掠奪，在十年間獲得兩百三十五萬兩的收益。此外，通過以琉球為秘密基地的中國「唐物」走私貿易和蝦夷地的海帶等「俵物」的秘密出口等，當地形成全國規模的走私貿易系統，從蝦夷地經新潟和富山連接薩摩、琉球乃至中國，甚至染指假幣製造。
在天保改革取得一定成果後，弘化元年（1844）後英國與法國艦隊相繼來到琉球要求通商。因此，調所廣鄉開始著手西式軍制改革。但在嘉永元年（1848），調所廣鄉因害怕走私貿易被幕府發現而自殺。
此時，世子島津齊彬和藩主島津齊興側室由羅所生的忠教（後來的久光）發生繼位之爭，思想開明的島津齊彬由於老中阿部正弘的介入與支持而得以繼承家督。他興辦西式的工廠集成館，立志將藩國建設為「東亞的英國」，還在將軍繼嗣問題上參與擁立一橋慶喜的改革派大名運動。
集成館的前身是磯（鹿兒島市吉野町）的冶煉所，那裡的反射爐、熔爐、水力鑽開台（削出大炮內部的鑽台），以及生產玻璃、糖、陶瓷器等的工廠都是當地根據荷蘭書籍獨立建造的，在最鼎盛的時候有一千二百名工匠和小工，並且配備有兩個著名的反射爐。當時的玻璃製造工廠造出的藍黃紅的「薩摩雕花玻璃」在今天依然評價很高。
島津齊彬在安政大獄前突然去世，島津久光繼承亡兄的遺志。為了實現公武合體，他在文久二年（1862）率領一千名藩兵入京，此後遭遇生麥事件，由這一事件直接引發的薩英戰爭（後述）致使集成館被燒毀。
肥前藩的改革
在19世紀20年代，肥前藩（石高三十六萬石）的負債遠遠超過了兩萬貫白銀，換算成大米即是三十五萬石（五萬二千五百噸）以上。在藩主鍋島直正（當時名為齊正）手下，中堅家臣團掌握實權，著手進行藩政改革。
借自長崎的債務分期百年償還，借自大坂的債務讓債權人捐獻本金的四分之三，又讓借自大坂鴻池的債務分期千年償還等——肥前藩通過賴帳重建財政，並將每年除年貢米以外的小物成收入（雜稅）作為軍用存入藩主手頭的「懸硯方」，用以積蓄資金，「懸硯方」的資金之後充作建造反射爐，購買軍艦、大炮、槍枝的費用。
作為外樣大名的肥前藩擁有龐大的家臣團，在農村居住的具有武士身份的人也很多，這是肥前藩未發生村民暴亂和大規模農民起義的原因，與相鄰的譜代藩——唐津藩時常發生大規模農民起義和暴亂剛好相反。在肥前藩，原本作為政務方的「請役所」統攬政務、財務、民政，徹底削減藩吏和役方的費用，削減三分之一的官員共四百二十人，人稱「前所未聞的大淘汰」，由此進行官府的集中重組。
另外，肥前藩在一定程度上承認商品生產的滲透，編制了戶籍，但禁止農民商人化。為了提高生產力，天保十二年（1841）藩內著手進行農地改革，減免或全免佃農的地租；嘉永五年（1852）開始實行「均田制度」，收回町人地主的土地，重新分給地主和佃農。通過犧牲地主階層，肥前藩一方面得以減免地租，另一方面試圖儘可能多地徵收年貢，年貢總額在19世紀30年代末恢復到十萬石的水平，此後保持穩定。這一收入成為肥前藩軍制改革的基礎。
此後，外號為「經濟大名」的鍋島直正設立統攬國產專賣的官方機構——國產方，在安政元年（1854）除實行白蠟、陶器、煤炭專賣以外，還在長崎設立佐賀商會，實現與荷蘭的直接交易，獲得巨額利潤。他們利用這些資金在長崎購入西式武器、彈藥、蒸汽船等，發展成為讓人刮目相看的軍事大（藩）國。
和薩摩藩一樣，肥前藩翻譯了荷蘭的《大炮鑄造法》（原著出版於文政九年［1826］），並以其中的知識為基礎，在嘉永三年（1850）設立大炮製造方，開始建造當時歐洲最新式的反射爐，為了製造耐高溫的磚，還運用以往有田燒制窯的技藝和瓦匠的技術，最後於嘉永五年成功鑄造日本第一門鐵製大炮。另外，肥前藩在同年設置精煉方，開始研究蒸汽機等西方科學技術。
長州藩的改革
另一方面，長州藩（石高三十七萬石）的財政危機雖然沒有薩摩藩嚴重，但也在天保九年（1838）負債九萬多貫白銀，在當時相當於七十五萬石（十一萬二千五百噸）左右的大米。但是，由藩主直轄、單獨結算的撫育方在幕末時期每年有三百多貫白銀盈餘的另項資金。如第二章所述，天保二年發生了六萬到十萬農民捲入的長州藩天保二年大起義，之後的天保饑荒又再次引發起義。為此，長州藩實行減半藩士知行（俸祿領地）的「半知」措施，家臣團陷入貧困的境地。
天保八年，新任藩主毛利敬親起用村田清風，針對長州藩的困境進行徹底改革，規定由藩方承擔藩士的債務，用三十七年分期償還本金，政策近似於賴帳。
另一方面，長州藩改革的一環是致力於扶植產業，設置了國產方，試圖復興專賣制度，還對藩內商人實行免札制（登記制），作為官方機構的國產方還會與其他藩的船隻開展交易。長州藩的特產原本是被稱為「防長三白」的米、紙、蠟，之後又加上棉花和鹽成為「防長五白」，其中棉花是最主要的產品。
天保十二年，為了製作藩內地理和產業的明細簿，長州藩要求各村以村為單位編纂《防長風土注進案》，在詳細調查後記錄各村的再生產情況，作為管轄的基礎記錄帳簿。
《防長風土注進案》的數據之詳細令人嘆為觀止，甚至讓人懷疑此帳簿是否為江戶時代的產物。其內容囊括村莊面積、行政單位區劃、地勢、土壤與土質、用水、施肥、氣候、年貢數量、各種租稅、米倉、儲備糧、道路、山林、河川、堤防、溝渠、戶數與人口、牛馬數、風俗與定例活動、產業與物產、神社寺廟、名勝與遺蹟等方方面面。
在研究者中間曾有定論稱，長州藩的「商業性農業只不過是以附近農村為對象的極小範圍內的商品化」，但這一包羅萬象的《防長風土注進案》於昭和三十五年（1960）由山口縣文書館以全二十三冊的形式出版後，極大改變了這一觀點。長州藩的商業性農業產品有棉花、油菜、蓼藍，以及其他諸種蔬菜和菸草等，在瀨戶內海沿岸各郡農村還發展工業（主要是棉織品生產），銷往村外的銷售額是商業性農業的三倍以上。芝原拓自詳細分析了《防長風土注進案》，認為該地農村的發展直逼日本最發達的尾西地區的棉花生產規模。其中，小郡、上關、大島的棉織品產量占到各自地域銷售總額的百分之四十。
另外，《防長風土注進案》記錄的數據極其詳細，不僅有村中牛馬數量的總計，也計算了牛馬折舊的費用，折舊年率為百分之七，壽命為十四五年，折舊被記為「仕繼」或者「間欠」，學界認為這是「日本首次出現折舊」的事例。
長州藩的商品生產發達，年貢率在全國也處於極高水平。而且如第一章所述，18到19世紀，長州藩人口增長顯著。高水平的年貢率看似與增長的人口相矛盾，但實際上，長州藩是基於《防長風土注進案》等基礎帳簿，在詳細掌握各村再生產結構的前提之下，實行了更為合理的年貢徵收政策，甚至完善了從產業基礎、道路、堤防到船運等的基礎設施配套建設。
田中誠二的研究表明，即便是日本年貢率最高的長州藩，在19世紀前半期之前，靠瀨戶內海一側的農民的生產力顯著提升，也能獲得百分之二十到四十七的收益（農民的淨收入）。
同一時期，長州藩在下關設置越荷方（藩營的金融兼倉庫業），還根據大坂市場行情，將倉庫和資金出租給經由下關販賣物產的運輸船業者。越荷方的業績逐漸上升，在成立第四年就還清了將近三分之一的債務。
實行賴帳的村田清風受到商人的強烈抨擊，於弘化元年（1844）下台，取而代之的是深受商業資本歡迎的坪井九右衛門。坪井與村田形成鮮明對比，他採取積極的政策，從大坂商人那裡借來五千貫白銀（相當於大米六萬八千石，合一萬噸），用於償還當地商人。對薩摩、大坂、江戶、對馬、長崎、越前等的藩營貿易也超出天保改革時期，但越荷方和物產交易都是與幕府衝突的政策。
在幕府簽訂通商條約時，村田等「正義派」（革新派）與坪井等「俗論派」（保守派）產生政治對立，這兩派之後分別由周布政之助和椋梨藤太繼承，集結在兩派旗下的均是中下級武士的能吏「有司」。在一段時期內，坪井派和周布派輪流掌握政權，在競爭的過程中錄用人才和剔除門閥。
改革的領導者、官員
實際掌握雄藩藩政的官員（有司）是什麼樣的人？這股日後將對明治維新產生影響的勢力通過藩內的人才錄用，登上政治舞台，正是在天保時期。本節將試以長州藩為例來考察這一過程。
領導長州藩天保改革的是此前所述的村田清風。村田是藩士大組出身，大組也稱八組，是長州藩的核心家臣團，俸祿九十石，沒有隨從，是所謂「單槍匹馬」的武士。這一階層的武士是藩的中堅力量。
村田清風就任御用所右筆這一要職，後升任藩地家老手元役，開始進行天保改革，此後歷任江戶家老手元役等要職，就任江戶家老用談役，主導改革。右筆原本是書記職務，手元役是「傳達諸事的職務」，有時也兼任「控物方」（保管文書的職務）。右筆和手元役等都屬於實務官員，這部分有司掌握了19世紀長州藩的實權。
根據記錄幕末維新時期長州藩活動的史書《修訂防長回天史》，長州藩藩政實權的變動如下：建藩初期由一門（一族）的加判役，即藩主的血親一脈掌握實權，之後權力逐漸向江戶家老（當役）和藩地家老（當職）等重臣轉移，不久「手元役的權勢逐漸增強，隨後右筆的勢力增長，近年長州藩藩地政府和江戶政府的實權實際上基本掌握在手元役和右筆手上」，身為書記一職的右筆開始被稱作政務方，成為重要職位。由實務有司掌握藩政實權的情況，在近世後期的其他藩也能見到，幕府中雖然程度有所差別，但也有同樣的現象。
這些手元役、右筆在藩主面前召開御前會議，推動長州藩的政治運行。在藩主出席的御前會議中，雖然一門的加判役、江戶家老、藩地家老也列席參加，但會議的討論主要由坐在「二之間」的手元役和右筆推進。
例如，長州藩天保改革的綱要便是在天保十一年（1840）七月七日的御前會議上決定的，村田清風也作為領導者呈報綱要。御前會議並不流於形式，而是如記載所示「直來直去地爭論」，議論十分活躍。從記錄上可以看到，村田及其繼承者周布、與之對立的坪井和最後繼承其衣缽的木戶孝允等，都毫無顧忌地發表意見，即便有反對意見，也毫不客氣地吐露真意並據理力爭。這也是武士的作風。
對於實務者有司思路清晰合理、「精勤專一」的形象，村田清風論述天保改革綱要的《流弊改正意見》（天保十一年）中便有充分體現。
村田經常將毛利家的基本法典放在案頭，「相比和漢之學，首治第一御家毛利家《長州藩三十三條》（萬治製法、毛利家的基本法典）之學，晝夜置於座右，心念守之」。他在實務上十分幹練，「地理圖（《防長海陸明細繪圖》）、戶籍冊、國郡志（《防長風土注進案》）的記錄，有此三者相助，對兩國（周防和長門，即長州藩）之事了如指掌」（村田意見書《海防事》），因藩士對藩政了如指掌的「精勤專一」，藩政的「統治智慧」由此逐漸成形。
如前所述，村田從手元役升任用談役，而長州藩的用談役正是有司村田所締造的官職，是聚攏實務官員、接近近代官僚的真正的要職。有司在御前會議之下團結一致，形成對藩政「統治智慧」的壟斷。
後來，木戶孝允領導長州藩走向討幕，也是因為他三十三歲便擔任這一實務官員中的最高職務才成為可能。村田開創了實務官員的新階段，後繼者是獲得村田本人和其他人認可的周布政之助。
周布也是俸祿六十八石的大組即「單槍匹馬」的武士出身，三十一歲就任右筆，三十二歲就任手元役，走上有司的仕途，四十二歲自裁而亡。木戶孝允也是俸祿九十石的「單槍匹馬」的武士出身，三十一歲作為周布的繼承者被任命為右筆，年僅三十三歲就因長州藩內戰而就任實務官員中最高職位的用談役。禁門之變和內戰中，有司的同僚渡邊內藏太、楢崎彌八郎、中村九郎、宍戶九郎兵衛、前田孫右衛門等或自殺或被判死刑。
木戶孝允繼承了在藩主御前會議之下集結實務官員「有司」的實權，也繼承了村田等有司對藩政「精勤專一」的「統治智慧」。
雄藩有司「統治智慧」的體制
長州藩、薩摩藩和肥前藩在天保改革中都致力於財政改革，通過形同賴帳的方式處理巨額債務，重建財政。這是依靠權力實行的財政改革，與幕府通過改鑄貨幣和徵收御用金，使用貨幣鑄造權從流通市場中獲取利潤以維持財政的方式有共同點。這兩者均是依靠權力的財政改革，並不存在立場上的根本差異。
大坂等地的小大名因無力還債，被商人視為毀約，於是委託村方定期上交一定的資費，使得村方掌握了領地經營權。西南雄藩和大坂小大名之間的財政政策形成了鮮明對比，這可以說是因為兩地大名的政治力量存在差異。在大坂等地，地方上的民力占優，而西南諸藩家臣團龐大，控制和組織民力的力量較強。
物產交易的利潤在肥前藩和長州藩都是單獨核算，被作為「懸硯方」（肥前藩）、「撫育方」（長州藩）等藩主的私有資金納入管理，成為西式軍制改革的資金。而薩摩藩是走私貿易，因此無法掌握其實際情況，但其利潤在藩內也是另外核算，成為軍制改革的資金。
其中，尤其大規模開展物產交易的是薩摩藩。當地因為農業生產力低下，所以大膽開展以琉球為中心的走私貿易，從中國進口「唐物」、讓蝦夷地出口海帶等俵物都是明顯違反幕府法律的交易。長州藩的物產交易和越荷方，也是違背幕府的政策。薩摩藩調所廣鄉的自殺，便戲劇性地反映了這種對抗關係。
雄藩的物產交易政策一方面對抗幕府，一方面為了成功又不得不與之共存。由此，長州藩和薩摩藩分別通過航海遠略策和率兵上京的形式發起行動，企圖率先就開國問題在幕政中占有一席之地。
在藩內，藩政由中級家臣團出身的有司掌握，他們雖然是家臣團的中堅力量，但在俸祿上卻是百石以下的下級，這個階層在家臣團中占絕大多數，所以也不能斷言他們都是下級武士。這些沒有隨從的「單槍匹馬」的家臣，以村田清風為代表，通過實務的「精勤專一」成為藩政的「智慧」，這是他們作為有司的資本。他們在藩主的御前會議上集結部分有司家臣，形成藩政的「智慧」集團，在某種意義上壟斷「統治智慧」。而領導雄藩政治運動的這些獨具「智慧」的藩政有司，不久後戲劇性地成為超越藩界、統一國家的旗手。